モデリングや結果処理でゼロとみなす数値は、[ツール]‐[プレファレンス]、で設定することができます。この[プレファレンス]の[許容誤差]にある「これ以下は0と仮定する」に入力した数値より小さい結果はコンター図ではすべてゼロとみなされます。ご使用の環境ではここの数値が解析結果より大きな値を設定されているのではないでしょうか。