交差計算はジオメトリのすべての交点を調べるため、マシンに負荷が掛かり多くの処理時間を要します。エッジ数が多い場合であっても、部分ごとに分割して処理することで処理時間を軽減できます。
試しに5~10本ごとに分割するよう交差計算を実行し、分割時の本数を徐々に増やして挙動を確認しながら実行をおこなってください。