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事例紹介

Exabyte.io

有機EL

有機ELで用いる分子結晶作成のモデリング紹介

有機ELなどの研究で用いる有機結晶モデルの作成方法について紹介します。現在(2020年4月)のExabyte.ioだけでは、有機結晶モデルは作成するのは困難ですが、弊社で作成したMI-nanosysを併用することで作成可能です。MI-nanosysはExabyte.ioのアカウントで使え、さらに無料で使用することができます。

ここでは、チオフェンの有機結晶を作成する方法を紹介します。

下記の手順で行います。
1. PubChemからチオフェン分子を取得
2. チオフェン分子のポリマー化
3. Exabyte.ioに分子データを転送
4. Exabyte.io上で結晶モデル作成

1.PubChemからチオフェン分子を取得

MI-nanosysを通して、PubChemからチオフェン分子を取得します。

2.チオフェン分子のポリマー化

2つのチオフェン分子を繋ぎ、S原子が上下になるようにすることも可能です。その場合は、もう1つチオフェン分子を追加するか、チオフェン分子をコピーして作成することができます。

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3.Exabyte.ioに分子データを転送

Exabyte.ioで計算を行うために、作成した分子をExabyte.ioに転送します。

4.Exabyte.io上で結晶モデル作成

Exabyte.io上に転送された分子は、真空領域を含む形になっています。

次に、Exbayte.io上で、セルの大きさ、周期境界の編集を行います。

下記のように周期境界を適応したポリマー化したチオフェンの結晶構造を作成することができます。