まずスペクトル解析は線形解析であり、当然、非線形解析とは解は異なってきます。
応答結果の差異の程度はモデルや着目内容にもよりますので、結果の差異の妥当性についてはこちらでは判断しかねます。軸力が合っていないということですが、スペクトル解析では死荷重分を足し合わせて評価されているでしょうか。
現在、動的解析で初期断面力を考慮した場合、応答結果は初期断面力分が付加された物となります。これに対してスペクトル解析では初期条件の指定はありませんので地震時の応答結果のみとなっています。スペクトル解析結果と非線形解析結果を比較する際は死荷重時の断面力を足し合わせて評価して下さい。